自分のことをペンギンと知らないプウは、カモメたちが自由に空を飛んでいるのを見て、うらやましく思います。どうにかして空を飛ぼうとするプウに、カモメたちは「そんな小さな羽で飛べるわけない」「太っちょだし、足も短いのに」とからかいます。カラスのクロは応援しますが、しまいにはあきらめさせようとします。

何度挑戦してもいっこうに飛べる気配がありません。クロは「付き合っていられない」と飛び去り、プウは同じ鳥の仲間なのに飛べないことを思い悩み、泣き出してしまいます。そこへ老海亀が来て、泣いているプウに訳を尋ねます。海亀はプウがペンギンであり、空を飛べないことを教えます。プウは「同じ鳥なのにカモメは飛べて、ペンギンは飛べないなんて不公平だ」と言います。海亀は、カモメ・カラス・ペンギンそれぞれにできることとできないことがあり、それを比べてはいけないと諭します。プウは「どうしてペンギンなんかに生まれてきたのか」と海に問いかけますが、海亀は「神様にでも聞いてみな」と去っていきます。

プウは再び飛ぶ練習を始めます。そこへカモメたちがやって来て、飛べないプウをいじめます。クロに助けられたプウは「自分だって飛んでみたい！」と、高い崖から再挑戦。海に落ちたプウは沈みながら光に包まれ、浮いている自分に気づきます。そこへ神様が現れ、ペンギンは海の中を飛び回れるのだと教えます。泳ぎ回れることを知ったプウは大喜び。心配していたクロもびっくりし、カモメたちは尊敬のまなざしを向けます。

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ある嵐の日、カモメのミミは「キキが帰って来ないの」と心配そうにプウに訴えます。プウは「捜してくる」と、大きな波がうねる海へ飛び込みます。やっとのことでキキを見つけ出すと、キキは「嵐が続いて食べ物が採れず、みんな何も食べていないから、餌を探しに飛んでいた」と話します。キキは、海の中を飛べるプウがうらやましくなります。

助け出したキキをミミの元へ連れて行くと、カモメたちは口々にプウのことを褒めました。今までいじめていたカモメたちはプウに謝ります。プウはカモメたちのために食べ物を捕ってくると海へ飛び込みます。

食べ物を持ち帰ったプウにキキは尋ねます。
「プウを笑ったりいじめたりしていたのに、どうして助けてくれたの？」
プウは答えます。
「友だちだから…同じ仲間だからさ！」

こうしてプウは、自分の得意な力で仲間を助け、皆に認められる存在となりました。